Основной фонд музея насчитывает 57029 ед.хр., научно-вспомогательный фонд 5432 ед.хр. Основой фондового собрания является коллекция археологических предметов, охватывающая историю Изборска и его окрестностей со времени основания города рубежа VII-VIII в.в. до XVII в. и отражающая все стороны жизни его населения. Коллекция состоит из 54980 ед.хр.
Этнографическая коллекция насчитывает 1762 ед.хр., в том числе 13 ед.хр. холодного оружия XVIII-XX в.в. В коллекцию этнографии входят: ткани, одежда, кухонная утварь, глиняная посуда, коллекция самоваров, сельхозинвентарь. Важную часть собрания составляет документальный фонд. В него входят документы Изборского культурно-просветительного общества, Вольного пожарного об-ва, коллекции книг из Мальской, Изборской, Печорской библиотек; из личных библиотек изборян.
В состав фондовых собраний входят также нумизматическая коллекция XVIII-XX в.в., коллекция живописи и графики, состоящая из произведений не только самодеятельных художников Изборска, но и современных мастеров известных в России и за рубежом.
Археологический Депозитарий
В 1971 г. в Изборске начинаются планомерные археологические исследования. В результате была собрана огромнейшая археологическая коллекция, насчитывающая 54980 ед.хр. Рководил масштабными работами один из известнейших в стране археологов –доктор исторических наук, академик Российской академии наук Валентин Васильевич Седов. Во флигеле купца Анисимова было выделено отдельное помещение для обустройства Археологического Депозитария – закрытое фондохранилище коллекции археологии. На собственные средства музея-заповедника приобретено оборудование – шкафы (30 шт.).
Более 750 ед. хр. археологической коллекции представлены в экспозиции «Летопись древнего города Изборска: от начала России до Полтавской баталии».
В Археологическом Депозитарии 9 июня 2017 г. открыта новая выставка «Открытая история». На ней представлены интереснейшие предметы археологического фонда (222 ед.хр.), которые экспонируются впервые. Выставка ориентирована на посетителей разных возрастных категорий и разной степени подготовлености. Здесь можно познакомиться с тонкостями основных ремесел древнего города и понять, как жили изборяне в стародавние времена.
В трех больших витринах археология представлена согласно основному роду занятий изборян.
Среди уникальных экспонатов - комплекс фрагментов керамической посуды с разнообразными клеймами мастеров-ремеслеников на донцах гончарных сосудов, о назначении которых в научной литературе высказано множество догадок. Особое место занимает комплекс изборской железной кованой посуды X-XIII вв. Украшением выставки стала исключительная находка 2011 года, обнаруженная при исследовании башни Плоская Изборской крепости – фрагмент бревенчатого сруба колодца XVI в.
В данный момент Археологический Депозитарий, как музейное хранилище заполнен на 70%, и способен принять на хранение еще не одну тысячу музейных предметов, которые были обнаружены псковскими археологами в процессе изучения крепости и окрестностей Изборска.