Почвенный покров музея-заповедника весьма разнообразен. Основными почвами являются дерново-карбонатные, дерново-подзолистые, подзолистые, подзолисто-болотные, дерново-глеевые, аллювиальные и болотные.
Наиболее плодородные почвы дерново-карбонатные, сформировались на карбонатных моренных отложениях и на девонских карбонатных породах. Эти почвы преобладают в южной и частично в средней части территории музея-заповедника. Значительная часть дерново-карбонатных почв нарушена в результате их распахивания. По террасам реки Обдех на делювиальных отложениях сформировались дерново-подзолистые почвы. На дне долины реки Обдех преобладают аллювиальные дерновые, дерново-глеевые и болотные почвы с разной мощностью хорошо разложившегося черного перегноя, в толще которого встречаются ракушки.
Дерново-слабоподзолистые почвы средней части заповедника сочетаются с дерново-карбонатными почвами. В северной части музея-заповедника под смешанными и сосновыми лесами сформировались дерново-подзолистые и подзолисто-болотные почвы с преобладанием легкого механического состава.
Подзолистые почвы приурочены к соснякам и ельникам.




