ФлораФлора Изборска и его окрестностей не только богата и разнообразна, но и уникальна по числу видов, экологическими особенностями растений, происхождением и произрастанием на определённой территории. Историческое прошлое, литология пород, рельеф, особенности увлажнения и почвы оказали влияние на формирование растительного покрова. Флористические исследования на этой территории начали проводится лишь к концу 19 века. В изучении видового разнообразия растений принимали участие не только учёные, но и любители, а так же все желающие сохранить и приумножить природные богатства окрестностей Изборска. Проведенные исследования по изучению флоры окрестностей старого Изборска позволили выявить в ее составе 1096 видов: 210 видов водорослей, 662 вида цветковых растений, 97 лишайников, 90 мхов, 26 видов папоротникообразных, 11 голосеменных (Вецель, 1993; Лесненко и др., 1993). На территории заповедника произрастает более 50% видов от всего состава флоры области, в том числе 72 охраняемых вида, из 162 выявленных на территории области (Изборск и его окрестности - заповедный край России. Псков, 1996). Они имеют различный ранг охраны, одни охраняются только в псковской области, другие по северо-западу Росси, третьи на территории всей России Это уникальное во флористическом отношении место, феномен северо-запада.
Водоросли относятся к 8 отделам, среди них преобладают: диатомовые - 58%, зеленые - 27%, сине-зеленые - 10%.
В видовом составе лишайников преобладают представители рода кладония, фисция, пельтигера, гипогимния, ксантория и др.
Среди мхов господствуют представители порядков бриевые, в том числе из семейств дикрановых, мниевых и др. мхи и лишайники выбирают самые различные субстраты для произрастания. Это может быть почва, стволы деревьев, известняковых обнажения, поверхности валунов, которые в Изборске не редкость.
Среди мхов наиболее разнообразны напочвенные группировки, много редких видов мхов содержит наскальная флора.
Флора цветковых растений представлена 662 видами, 362 родами и 90 семействами. Виды отличаются по своему происхождению, географическому распространению, экологическим особенностям, по времени и путям миграции на данную территорию. Соседствуют таежные, лесостепные и степные виды, виды, имеющие средиземноморские и альпийские связи.
В прошлом на озерно-ледниковых равнинах в окрестностях Изборска, в зависимости от почвенного покрова, были распространены еловые, сосновые и дубовые леса. О широком распространении последних свидетельствуют сообщества кустарников и трав, характерных для дубрав: лещина, бересклет (бородавчатый и европейский), виды жимолости, из травянистого покрова - копытень европейский, зеленчук желтый, купена многоцветковая, звездчатка дубравная, сочевичник весенний, медуница неясная, вероника широколистная. Про последнюю в народе говорят, что она способна поднять на ноги безнадёжно больного человека. Согласно легенде раньше раньше вероники среди трав не было. Одна красавица невеста, чтобы вернуть к жизни своего суженого попросила колдуна найти такую траву, чтобы его спасти. Узнав, что травы от его болезни не существует, сама разрослась нежной травой с голубыми глазами цветков. В траву влилась молодая сила жизни и верность любви.
Большим разнообразием флоры отличается Изборск-Мальская долина. На её территории произрастает большое разнообразие первоцветов. Они служат украшением Изборско-Мальской долины в весеннее время.
На крутых склонах, сложенных карбонатными породами, наблюдается сочетание редких альпийско-арктических видов с ксеротермическими представителями растительности скал. В составе луговой растительности встречается больше, чем в других районах области, степных и лугово-степных видов.
Флора обнажений девонских известняков долины р. Обдех представлена тремя видами редких скальных папоротников. Это костенец постенный, костенец волосовидный (средиземноморский вид) и вудсия северная.
На каменистых местах вдоль северо-восточной границы Изборской крепости встречается камнеломка зернистая. На обнажениях известняка вдоль юго-восточной ее части обильна камнеломка трехпалая.
Это единственное местонахождение вида для Псковской области. Среди камней и валунов встречается камнеломка жестковолосистая. По мшистым сухим склонам долины - можно встретить гроздовник полулунный. На сухих террасированных склонах произрастают редкие для Северо-Запада и очень важные виды для нашей зоны: лабазник обыкновенный, чина клубненосная, ветреница лесная.
По склонам долины разрастается лещина обыкновенная и ольха серая, на корнях которой паразитирует петров крест чешуйчатый - единственный из шести видов рода Петров крест, растущих в нашей стране. Между куртинами, на освещенных местах встречается качим метельчатый, астрагал датский, астрагал солодколистный. По кустарникам и склонам балки в районе туфового карьера встречен редкий для области вид живучки ползучей. У хутора Броды, в районе бывшей мельницы, отмечается воробейник лекарственный, посконник конопляный, девясил британский, эспарцет песчаный. На северо-восточном склоне у озера Дреб был найден не отмеченный во флоре области, да и всего Северо-запада, сисюринхий узколистный.
На влажных лугах долины р. Обдех и р. Смолки наиболее полно представлено семейство Орхидных На щелочных почвах с близким залеганием известняков встречается башмачок настоящий, по тенистым участкам - гнездовка настоящая, на заросших лугах - тайник яйцевидный, дремлик болотный, любка двулистная, любка зеленоцветная, кукушник длиннорогий, ятрышник мясокрасный, ятрышник пятнистый, липарис Лезеля.
Из 27 видов семейства Орхидных, произрастающих на территории «Псковской области, 18 видов отмечены для территории заповедника, 8 из них занесено в Красную Книгу РСФСР. Это венерин башмачок настоящий, пыльцеголовник красный, надбородник безлистный, ятрышник шлемоносный, ятрышник обожженный, офрис насекомоядный, липарис Лезеля, пальчатокоренник балтийский.
Виды этого семейства обладают красивыми цветками, некоторые из них имеют лекарственное значение. Своеобразны их биологические особенности. Семена этих растений произрастать самостоятельно без помощи грибов, с которыми они вступают в симбиотические отношения не могут. Кроме того от момента проростания семян до момента цветения проходит 10 - 15 лет.
По сырым лугам в долине речки Митковка обилен шпажник черепитчатый. На заросших кустарниками известняках - солнцецвет монетолистный - самое северное в области местонахождение вида, а на сухих песчаных почвах сосновых боров - келерия сизая и качим пучковатый.
По известковистым склонам долины в окрестностях пос. Изборск единично встречается кизильник черноплодный и жимолость балтийская. Последний вид севернее Изборска не обнаружен.