В 1996 Изборский Государственный историко-архитектурный и природный музей преобразован в историко-архитектурный и природно-ландшафтный музей-заповедник «Изборск» на основании Постановления Правительства Российской Федерации от 16 января 1996 года под № 43 «О мерах по сохранению историко-культурного и природного наследия Изборско-Мальской долины в Псковской области, так же определена территория музея-заповедника «Изборск» общей площадью 7734 га с расположенными на этой территории памятниками истории и культуры, куда входят 7422 га территории охранных зон. На территории музея-заповедника находятся 194 памятника истории, культуры и природы, среди них 171 - регионального, 23 - федерального значения, к которым относятся 8 памятников природы (в том числе и Изборско-Мальская долина).

В дальнейшем велась работа по утверждению границ зон охраны музея-заповедника «Изборск».

На основании Постановления Правительства РФ от 16.01.1996г. « О мерах по сохранению историко-культурного и природного наследия Изборско-Мальской долины в Псковской области», 28 апреля 2004 года Областным собранием депутатов было принято Постановление «Об утверждении границ зон охраны Государственного историко-архитектурного и природно-ландшафтного музея-заповедника «Изборск» № 1065.

В целях обеспечения охраны историко-архитектурного и природно-ландшафтного музея-заповедника «Изборск» согласно тому же постановлению установлены следующие охранные зоны: охранная зона, зона регулирования застройки, и зона охраняемого природного ландшафта с подробным описанием границ. До утверждения «Границ зон охраны» вопросы природопользования регулировались только «Временным Положением о музее-заповеднике», утверждённым Постановлением Администрации Псковской области от 12.04.1996 № 110.

Утверждение «Границ зон охраны» чрезвычайно необходимый шаг, так как этот документ стал единственным, регулирующим правовые отношения в условиях отсутствия на сегодняшний день Законодательства о музеях-заповедниках.

24 июня 2008 года Администрация Псковской области приняла постановление «О памятнике природы Псковской области «Изборско-Мальская долина»» под № 169. На основании данного постановления природный объект «Изборско-Мальская долина» объявлен памятником природы Псковской области, а территория занятая им - особо охраняемой территорией Псковской области. Так же установлены границы и режим особой охраны территории памятника природы, общей площадью 1792 га. Постановление является важным законодательным документом, созданным в целях сохранения Изборско-Мальской долины и расположенными на её территории интересными геологическими и гидрологическими объектами, богатой и разнообразной флорой и фауной.

Изборск не только древнейший из русских городов, но и уникальная по своим природным условиям территория. Его называют жемчужиной холмов среди русских равнин.

На изборских холмах сохранились ценные участки природного ландшафта с уникальным геоморфологическим и геологическим строением рельефа, большое разнообразие видового состава фауны и флоры, уникальные гидрогеологические памятники природы, а так же ландшафтные и ботанические объекты, как типичные, так и нетипичные для Северо-Запада.

К гидрологическим памятникам относятся знаменитые Словенские ключи — природная достопримечательность Изборска: мощные выходы ключевой воды в разломе береговой террасы (девонская известняковая плита), за что в XVII веке Изборск называли «городом на ключах».

В этой местности растут папоротники ледникового периода, но дошедшие до наших дней сильно уменьшенными. Флора тайги здесь встречается с типичной флорой северо-западных равнин. Флора этого заповедника изобилует такими дубравными видами, как сныть обыкновенная Aegopodium podagraria, копытень европейский Asarum europaea, медуница неясная, Pulmonaria obscura и др.

Известняк, чрезвычайно распространенный на Псковской земле, в Изборске имеет особенную прочность, именно из него строились стены Псковского кремля.

На западном склоне Изборско-Мальской долины у деревень Конечки и Малы находятся уникальные залежи туфа — горной породы, по составу аналогичного известняку, но с пористой структурой.

Бор Бельково и окрестности озер Велье, Б. и М. Луковые, Любинец сохранил комплекс ярко выраженных краевых ледниковых образований и необычайно живописный ландшафт.

В силу сложного переплетения археологических, культурных и природных памятников Изборско-Мальская долина объявлена комплексным природным памятником. К числу памятников природы, имеющих федеральный статус, относятся: Изборско-Мальская долина, Словенские ключи, Городищенское озеро, Змеиная балка, Мельничная балка, Сквозная долина, Сухое болото, Холодный лог, обнажения кавернозных доломитов и известнякового туфа.

Охранная зона учитывает, прежде всего, геологические особенности самой Изборско-Мальской долины и ее окрестностей, проходит по естественным границам, определяющим гидрологический режим долины: кромке леса, водоразделам.

Южная граница граничит с природным ландшафтом системы охранных зон Старого Изборска, далее восточная граница проходит по верхней террасе староизборской долины на север, минуя Васцы, включая Холодный Лог и долину по кромке верхней террасы рельефа, ограниченной селениями; с востока — Гнилкино, Пискони, Копаницы, Коломово; с запада Конечки, Малы, Рогово, Митковицы, до железной дороги, далее граница проходит на восток и северо-восток, через селения Лезги, Гверздонь, Кудина Гора до Псковского озера. Затем граница проходит по побережью озера в восточном направлении, до селения Малые Калки, затем поворачивает на юг проходит, гранича с землями селения Халахальня, далее Летний Борок, до Комово. Кроме того, зона природно-заповедного значения имеет внутреннюю границу с зоной историко-культурного значения, с селениями: Вашина Гора, Раково, Соколово, Захново, Гнилкино и более мелкие.

Решением Псковского облисполкома в 1979 году территория окрестностей Изборска объявлена архитектурно-природным заказником. Территория окрестностей Изборска пережила длительную и сложную геологическую историю, следы которой прослеживаются при изучении горных пород и окаменелостей животных в обрывах рек, карьерах, в кернах буровых скважин.